با توجه به اين ماموريت بسيار حساس و موثر ، از سوي نظام اسلامي قدرت بسياري به اين مجموعه داده شد. بطوريكه امثال سيد كاظم شريعتمداري (از مراجع تحت تاثير سيا) ، حسنعلي منتظري ، مهدي هاشمي و... كه داراي قدرت سياسي عجيبي در كشور بودند و از قدرت خود براي ضربه زدن به انقلاب استفاده مي كردند توسط اين مجموعه مورد بازخواست قرار گرفته وجاي خود نشانده شدند.
بعد از وفات امام خميني (ره) شرارت دشمن براي تحريك روحانيون منحرف جهت مقابله با رهبري و ولايت فقيه افزايش يافت و در اين برهه حساس نيز دادگاه ويژه روحانيت وارد كار شده و در خاموش كردن فتنه هايي همچون عبدا... نوري ، موسوي خوئيني ها ، يوسفي اشكوري ها و... نقش بسزايي ايفا نمودند.
دهه دوم دوران رهبري مقام معظم رهبري ، منش وي در مقابله با نا عدالتي ها موجب صف كشي برخي سوءاستفاده كنندگان از بيت المال در مقابل رهبري شد . برخي از عناصر اين مجموعه كه جزو صف كشي هاشمي رفسنجاني قرار گرفتند موجب گرديد تا جناح هاشمي حيثيت خود در كشور را در خطر ديده و هيبت خود را در خط جدي شكست پيش بيني نمايند.
از سويي كه دولت عدالت محور احمدي نژاد در دومين انتخابات خود پرده از چهره مرموز نظام برداشت و هاشمي رفسنجاني را بعنوان فردي مخالف با عدالت خواهي معرفي نمود و رهبر معظم انقلاب در نمازجمعه بعد از انتخابات علنا اذعان داشتند و آن فاصله گرفتن تفكر هاشمي از تفكر و مواضع ولايت بود، در اين راستا تعدادي از طلبه هاي بسيجي و ولايتمدار بپا خواسته و عليه مفاسد اقتصادي خصوصا مخالفت علني با هاشمي رفسنجاني قيام نمودند.
در اين راستا دادگاه ويژه روحانيت براي حفظ منافع جناح هاشمي و برخي مفسدان اقتصادي از جمله برخي مديران استان كرمان و آذربايجان شرقي اقدام به برخورد و محكوم نمودن روحانيون بسيجي همچون : علي ابوترابي و مسعود شفيعي كيا در قم ، عليرضا جهانشاهي در سيرجان و روح الله بجاني در تبريز نمود. بطوريكه موجب بدبيني قشر ولايتمدار به دادگاه ويژه روحانيت و سيستم امنيتي گرديد.
محمد باقر محمدزاده كارمند موسسه امام خميني به 4 ماه زندان قطعي و 30ضربه شلاق تعليقي محكوم و ابوالفضل قاسم شريفي طلبه يزدي به اتهام نشر اكاذيب و تشويش اذهان به 5 ماه زندان قطعي و 40 ضربه شلاق تعليقي محكوم كردند.
عليرضا جهانشاهي كه عليه زميبن خواري هاي سيرجان قيام كرده و براي اعتراض به سمت تهران پياده روي مي نمود ، توسط عوامل امنيتي بازداشت گرديد. وي جمعا دوبار بازداشت گرديد كه در نوبت دوم پس از گذشت بيش از 8 ماه زندان ، از زندان اوين با دستور مستقيم رهبر عظيم الشان انقلاب و با پيام " شكر الله مساعيك"آزاد گرديد . آزادي جهانشاهي آنهم توسط رهبر معظم انقلاب تاييدي بر اقدامات عدالتخواهانه روحانيون عدالتخواه و رد اقدامات دادگاه ويژه روحانيت در بخورد و سركوب عدالتخواهان و ابزار گشتن آن مجموعه براي منافع برخي آقايان شد.
قضيه جهانشاهي موجب تحرك گروههاي عدالتخواهي دانشجويي و حوزوي شد بطوريكه طلبه سيرجاني تبديل به موج پرخروش عدالتخواهان ولايتمدار گرديد. پس از وي آوازه طلبه تبريزي روح الله بجاني كم كم پيچيده مي شد. طلبه اي كه عليه مفاسد مديران آذربايجانشرقي و مصادره انقلاب به نفع برخي آقايان بپا خواسته بود. وي بيش از 12 بار مورد بازجويي قرار گرفت و به يك سال حبس ، تبعيد و ... محكوم شد.
اما به جريان افتادن موج عظيم اعتراض ازسوي عدالتخواهان و بسيجيان و دلايل نا معلومي موجب مسكوت ماندن حكم دادگاه ويژه روحانيت گرديد. اخيرا نيز دو تن از طلبه هاي اروميه اي عليه امام جمعه موقت اروميه و رييس سازمان تبليغات آذربايجان غربي بپا خواستند و خواستار رسيدگي به مفاسد استانشان شدند . در اين برهه نيز دادگاه ويژه روحانيت اقدام به بازداشت اين 2 طلبه : مهدي اشرفي و نوروزي نمود كه با شروع اعتراضات مواجه گرديد كه بناچار آزاد شدند.
حال ما اين سئوال را از دادگاه ويژه روحانيت داريم: فأين تذهبون؟؟؟به كجا مي رويد؟؟؟
چرا بجاي برخورد با روحانيون منحرف با روحانيون عدالتخواه برخورد مي كنيد؟ هزينه اين اشتباهتان را چرا و چه كسي خواهد پرداخت؟ آيا جا ندارد مسئولين مافوق اين مجموعه به فكر اصلاح ساختار و ماموريت هاي اين مجموعه باشند؟
